微生物技术国家重点实验室为担负起国家战略科技力量的重要使命，实施“两手抓科研，四线齐并进”的科研发展战略，取得了一系列研究成果：承担的国家级科研项目在“量上有突破，质上有提升”；科技论文“量质”齐头并进；积极进行实验室技术转移转化与技术服务；同时坚持引育并举，推进高水平人才取得了跨越式发展；搭建国际合作亥姆霍兹国际实验室新平台，汇聚了全球智慧资源；与啤酒生物发酵工程、动物基因工程疫苗、长效和靶向制剂、海藻活性物质等4家企业国重共同构建蓝色经济区生物技术国重联合体。